本發明係以任意兩種跳躍子(transposable elements)之間隔區長度之多型性為基礎，提供一種植物高效能的分子標誌，該技術可以簡稱為跳躍子間多型性(inter-transposable elements polymorphism, ITEP)。方法是依據基因組中各種套數多的跳躍子(包含transposon和retrotransposon)的近末端序列保留區設計3端向跳躍子外的引子，以聚合酵素連鎖反應進行跳躍子間隔區之核酸增殖，然後將所增殖的核酸片段進行電泳分離，以獲取分子標誌。以水稻為例子，首先設計水稻ITEP引子，經實際的篩選測試，獲取可用引子總計有41條，其中屬於retrotransposon的引子有17條，長度介於20~22 mer之間，Tm值約為60℃。屬於transposon的有24條，長度介於20~24 mer之間，Tm值約為60℃。上述引子可以經進一步兩兩引子配對篩選，可以獲取更多的分子標誌，選擇多型性最佳的組合。以22個水稻重要商業品種為材料，經過ITEP引子組的PCR反應、電泳分離、染色及照相，可以獲取有用的水稻DNA標誌(圖一)。上述結果以申請中華民國專利。

　　另一新的分子標誌技術是葉綠體DNA熱點區為基礎，由於葉綠體DNA為母系遺傳，藉由探討葉綠體DNA熱點區序列，可以鑑定作物品種的葉綠體基因體親本。以蘭花葉綠體基因組中任兩基因之基因間隔區(intergenic spacer, IGS)或任意基因之內隱子(intron)可能含有在演化過程中變異快速的熱點區(hot spot region)序列，其變異來自鹼基的取代(substitution)或有插入(insertion)或缺失(deletion)。上述熱點區序列可以做為原生種蝴蝶蘭鑑別的分子標誌。加上綠葉體DNA有母系遺傳的特性，可以用來藉由分析、追蹤商業品種蘭花的譜系(genealogy)。方法是在含熱點區序列的葉綠體DNA片段之兩端設計序列保留區引子組，利用聚合酵素連鎖反應進行含熱點區序列的葉綠體DNA片段之核酸增殖，然後將所增殖的核酸片段進行電泳分離，將上述核酸片段進行序列分析，即能獲取其分子標誌。將上述含熱點區序列進行資料庫比對，即能鑑定原生種蘭花，以及追蹤、確認商業品種蘭花之譜系。以蝴蝶蘭為例， trn L intron 區域為一葉綠體DNA熱點區，各種不同原生種蝴蝶蘭具有獨特的標誌，可以用於追蹤作物品種的葉綠體DNA親本(圖二)。上述結果已申請中華民國發明專利，以及部分結果發表於Sciientia Horticulturae 142: 84-91 (2012)。

圖一、以Tc1/mariner引子(代號：mariner-1)搭配mite 引子(代號：Os-mite-stow-os50 )進行ITEP分析22個水稻品種。

圖二、蝴蝶蘭 P. Timonthy Christopher 品種葉綠體基因體親本鑑定