在蝴蝶蘭方面，由 rDNA 之 ITS 所建構的親緣關係樹狀圖支持 Christenson (2001) 將 Doritis 屬及 Kingidium 屬處理為蝴蝶蘭屬的同物異名，但並不支持大部分的蝴蝶蘭屬內亞屬 (subgenus) 及節 (section) 階層之系統分類。尤其是將原屬於 Kingidium 屬成員歸屬為蝴蝶蘭亞屬的 Deliciosae 節，以及原屬於 Doritis 屬成員歸屬為蝴蝶蘭亞屬的 Esmeralda 節之處理。分子證據顯示，蝴蝶蘭亞屬的 Deliciosae 節及 Emeralda 節與 Aphyllae 、 Parishianae 、 Proboscidioides 等亞屬親緣關係相近，而且它們亦有植株形態較小、分佈相近及具有四個花粉塊的共同特徵，這些特徵與蝴蝶蘭屬的其它成員具有的兩個花粉塊與分佈也不一樣。 Christenson (2001) 因為 Doritis 屬及 Kingidium 屬成員的側唇瓣皆平整，而與一般的蝴蝶蘭亞屬成員類似，有別於側唇瓣會特化成齒狀突起 Polychilos 亞屬成員，所以才會將 Doritis 屬及 Kingidium 屬成員處理為 Phalaenopsis 亞屬 ( 分別為 Deliciosae 及 Esmeralda 節 ) 之內，本研究認為側唇瓣的平整與否在蝴蝶蘭系統分類有被過份強調。另外，分子證據也顯示， Aphyllae 、 Parishianae 、 Proboscidioides 三個亞屬的彼此的親緣關係極為相近，尤其是 Aphyllae 與 Proboscidioides 成員是一個明顯的自然類群 ( 圖 1) 。上述研究成果發表於 Plant Systematics and Evolution 256: 1-16 (2006) 。

　　另外，在拖鞋蘭方面， 拖鞋蘭是蘭花家族中奇特的成員之一，由於向下的兩片花瓣癒合成類似拖鞋的形狀因而得名。這一群的成員中共有四個屬，分別為巴菲爾鞋蘭 ( Paphiopedilum) ，鬍拉密鞋蘭 ( Phragmipedilum) ，喜普鞋蘭 ( Cypripedilum) ，西麗妮鞋蘭 ( Selenipedilum) ，其中巴菲爾鞋蘭的成員數量最多，也最適合台灣的生長環境，因此最具有發展潛力。巴菲爾鞋蘭主要分佈在亞洲、東南亞地區，成員約有 95 種。目前已經收集約 80 種的原種巴菲爾鞋蘭，種原涵蓋所有的亞屬 (subgenus) 及節 (section) 。已經完成各種原的 ITS 序列，以及葉綠體 DNA (cp DNA) 之 trn L- trnF 與 atp B- rbcL 基因的基因間隔區 (intergenic spacer, IGS) 及 trn L 基因之內隱子 (intron) ，已能獲得各種原的分子標誌。經群叢分析，能探討種原間的親緣關係及遺傳距離 ( 圖 2) 。研究成果目前正在整理撰寫中。

圖 1. 蝴蝶蘭分子親緣關係樹狀圖

圖 2. 拖鞋蘭分子親緣關係樹狀圖