簡單序列重複(simple sequence repeat, SSR)，又稱為微衛星(microsatellite)為目前國際間公認最具鑑別能力與穩定性的分子標誌，也是歐盟UPOV與日本NCSS用來進行作物品種鑑定的一種分子標誌。高雄場利用磁珠富集法 (Enrichment by magnetic beads) 選殖芒果、印度棗、蓮霧及毛豆之 SSR 基因座。首先抽取其總 DNA，然後以 MseI 進行限制酵素切割，酵素水解後 DNA 接上轉接子 (adaptor)，進行相對應於轉接子上之引子的 PCR 反應，然後將 PCR 產物進行變性反應 (denature)，然後通過含有 3’-biotin-labelled (AG)15 核苷酸管柱，經三次清洗管柱後，最後用1/10 TE 將吸附於管柱內的 PCR 產物淋洗下來，然後在進行一次的 PCR 反應，最後將 P C R 產物進行A G重複性序列富集文庫(enriched library)之構築，利用PIMA (PCR isolation of microsatellite arrays) 法進行富集文庫的篩選，上述作物之SSR基因座，其中芒果有 58 個SSR基因座，印度棗選殖131個，蓮霧選殖161個，以及毛豆60個。設計上述各種作物所選殖SSR 基因座之專一性引子組，進行經篩選後，目前芒果已經篩選完畢，總計獲取15具穩定性與多型性的 SSR 基因座，經應用於 22 個芒果品種(系)之品種鑑定，可以將每個品種(系)加以鑑定，進一步分析發現，僅需 5 個特定 SSR 基因座即可進行上述芒果品種(系)之鑑定(圖一)。上述部分研究結果已經發表於國際期刊American Journal of Botany 99: e117-119。在印度棗方面，也可以獲得許多SSR分子標誌(圖二)，部分結果已經發表於國際期刊American Journal of Botany 99:e199-e202。在毛豆方面，也可以獲得許多SSR分子標誌(圖三)。

圖一、SSR-325基因座之分析22個芒果品種(系)

圖二、SSR-192基因座之分析25個印度棗品種(系)

圖三、SSR-463基因座之分析12個毛豆品種(系)